一般来说，农产品初加工可以按照增值税一般纳税人的方式缴纳增值税，也可以按照小规模纳税人的方式缴纳增值税。具体缴纳方式需要根据企业的具体情况和税务政策来确定。对于增值税一般纳税人来说，农产品初加工企业需要计算销项税额和进项税额，然后按照差额缴纳增值税。
经过深加工的农产品增值税税率17%。增值税是以商品（含应税劳务）在流转过程中产生的增值额作为计税依据而征收的一种流转税。增值税一般纳税人销售农产品的增值税适用税率有11%、13%和17%三种，小规模纳税人按3%的征收率征收增值税。
第十七条 纳税人销售额未达到国务院财政、税务主管部门规定的增值税起征点的，免征增值税；达到起征点的，依照本条例规定全额计算缴纳增值税。
应交增值税税额等于当期销项税额减去当期进项税额。农产品加工企业销售农产品的增值税优惠政策：农业生产者销售的自产农产品免征增值税，这类农产品是指直接从事植物的种植、收割和动物的饲养、捕捞的单位和个人销售税法注释所列的自产初级农业产品。
从2019年7月1日起，将增值税税率由四档减至17%、11%和6%三档，取消13%这一档税率。将农产品、天然气等增值税税率从13%降至11%。对农产品深加工企业购入农产品维持原扣除力度不变，避免因进项抵扣减少而增加税负。
该行业初加工是免增值税。根据《中华人民共和国增值税法》查询得知，农产品的初加工享受增值税免税政策。具体规定为：农业生产者销售的自产农产品、农业企业自产的农产品、农民专业合作社自产的农产品，以及享受增值税免税政策的农产品，如粮食、植物油、蔬菜、水果、干果、坚果等，免征增值税。
1、农膜。生产销售的氮肥、磷肥以及以免税化肥为主要原料的复混肥（磷酸二铵从2008年1月1日起执行）。可以享受免征增值税优惠政策的复混肥是指企业生产复混肥产品所用的免税化肥成本占原料中全部化肥成本的比重高于70%。批发和零售的种子、种苗、化肥、农药、农机尿素产品。
2、自产农产品：根据增值税暂行条例规定，农业生产者销售的自产农产品（包括初加工、农民专业合作社、公司+农户经营模式）免征增值税。
3、正面回答从事农业生产的单位和个人销售的自产农产品，免征增值税；对于销售种子、化肥、农药、有机肥料、农用机械等农业生产资料免征增值税；从事部分鲜活肉产品、蛋产品销售的纳税人销售的部分鲜活肉产品、蛋产品免征增值税；流通环节从事蔬菜销售的纳税人销售的蔬菜免征增值税。
4、种植业类的粮食、林木产品、园艺植物（含水果、蔬菜、花卉初加工）、油料植物、糖料植物、茶叶、药用植物、纤维植物、热带和南亚热带作物初加工，畜牧业类的畜禽类、饲料类、牧草类初加工，渔业类的水生动物、水生植物初加工，均享受企业所得税优惠政策。
包括农业生产者销售的自产农产品、农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品、批发市场和农贸市场销售的农产品等。农业生产者销售的自产农产品：指农业生产者直接从事农业生产活动所收获的农产品，包括种植业、林业、畜牧业、渔业等。
免税农产品包括主要包括以下六种：销售自产初级农产品农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品制种企业在特定生产经营模式下，生产销售种子（1）制种企业利用自有土地或承租土地，雇佣农户或雇工进行种子繁育，再经烘干、脱粒、风筛等深加工后销售种子。
停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。第四条 法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
目前可以开具农产品免税发票的有以下几种情形。农业生产者销售的自产农产品。对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜。从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品。
范围如下：根据查询律临网得知，范围包括：销售自产的初级农产品、农民专业合作社销售成员生产的农业产品、特定生产经营模式下生产销售的种子等等。免税农产品，也就是一种种植业以及养殖业，还有林业、牧业以及水产业的初级农产品，需要农业生产者自产自销才可以获得免税的权利，否则也是需要征税的。